El origen de la actual Barajas de Melo, se remonta a Barajas de Arriba, cuya desaparición se atribuye a la invasión mora, naciendo Barajas de Huete, aldea dependiente de la ciudad de Huete.
Dicha aldea perteneció por entonces a la reina Doña Catalina de Lancaster, esposa del rey don Enrique III de Castilla y regente durante la minoría de su hijo Juan II, del que se conservó la escribanía de Barajas unos privilegios dados en Segovia.
El actual sobrenombre de Melo se debe a la declaración de aquella aldea en Villa y al ser incorporada en el siglo XVII al señorío de los marqueses de Villescas de la familia de los Melo de Portugal.
La Iglesia Parroquial está dedicada a San Juan Bautista. La devoción a la Santísima Virgen de la Vega se remonta a los orígenes mismos del pueblo y arranca en una primera ermita existente en el paraje conocido hoy como la "ermita derribada".
En 1.880 y por mediación de D. Antonio Montenegro, mayordomo de semana de la reina Isabel II, el rey consorte Don Francisco de Asís regaló a Barajas una imagen de la Virgen de la Vega y unas artísticas andas, ambas obras del escultor don José Flores; la actual imagen es copia de aquella.
Entre los moradores e hijos de Barajas de Melo hay que destacar cronológicamente a don Francisco de las Brozas, el "Broscense", de quién dice don Marcelino Menéndez y Pelayo "lo tengo por Padre de la Gramática General y de la Filosofía del lenguaje". Don Fermín Caballero y Morgaez, que nació en Barajas de Melo el 7 de julio de 1.800 y murió en Madrid el 17 de Junio de 1.876. Estudió la carrera eclesiástica abandonando después el seminario para militar las filas del liberalismo más exaltado. Cultivó la Botánica, la Agricultura y la Geografía, siendo en 1.822 profesor de Geografía en la Universidad de Madrid. Fue Diputado desde 1.834 hasta 1.845, año en que es nombrado Ministro de la Gobernación, alcalde de Madrid, Senador, Presidente de la Sociedad Geográfica, Escritor, ocupando un sillón en las Reales Academias de la Historia y de Ciencias Morales.